La liberté de culte fut l'une des causes majeures de la guerre de Vendée. Le 24 février 1793, la levée d'une armée de 300 000 hommes, décrétée par la Convention pour défendre la Révolution contre les autres pays d'Europe, entraîna de nombreuses révoltes dans l'Ouest. Les troupes républicaines parvinrent à les limiter au nord de la Loire.
Près de Laval, l'ancien faux-saulnier Jean Cottereau rallia ses hommes cachés dans la forêt en imitant le cri de la chouette. C'est de son surnom de Jean Chouan que naquit le terme de "chouanneries".
Le 19 mars, l'armée républicaine fut mise en déroute en Vendée.
La Vendée, qui désignait un espace plus vaste que le département actuel, englobant une partie du Maine-et-Loire, del a Loire-Atlantique et des Deux-Sèvres, devint le symbole de la contre-révolution à abattre.
Une armée de 25 000 paysans-soldats se plaça sous les ordres du voiturier Cathelineau, du garde-chasse Stofflet, et des aristocrates Bonchamps , d'Elbée, Charette, La Rochejaquelein, Lescure ou Talmont.

L'armée catholique et royale s'empara de Fontenay-le-Comte, de Saumur, d'Angers mais échoua le 29 mai à Nantes.
Si cette dernière était tombée, les Vendéens auraient probablement marché sur Paris, avec de grandes chances d'anéantir la Révolution.
L'arrivée en Vendée de Kléber redonna l'avantage militaire à la Révolution. Battus à Cholet, les Vendéens traversèrent la Loire à Saint-Florent-le-Vieil et s'embarquèrent dans la "virée de Galerne", à la recherche d'une éventuelle aide anglaise.
Elle les emmènera jusqu'à Granville qu'ils ne purent enlever.

Le retour fut une succession de défaites et, le 23 décembre, les survivants furent massacrés près de Nantes.
Sur les 60 000 à 80 000 Vendéens partis, quelques milliers seulement revinrent.

"Il n'y a plus de Vendée. Elle est morte sous notre sabre libre, avec ses femmes et ses enfants. Je viens de l'enterrer dans les marais et dans les bois de Savenay. Je n'ai pas un prisonnier à me reprocher. J'ai tout exterminé", écrit le général Westermann au Comité de Salut Public.