La commune est située sur la Loire, à 42 km au Sud de Montargis, 42 km au Nord-Ouest de Cosne-Cours-sur-Loire, 67 km à l'Est d'Orléans, 76 km au Nord-Est de Bourges et 160 km au Sud de Paris. Elle constitue le centre de l'aire urbaine de Gien.
La gare de Gien est desservie via la gare Paris-Bercy.
L'Est du territoire de la commune est traversé par la route nationale 7 et l'autoroute A77.
La ville constitue une étape de la route touristique Jacques Cœur.

Détruit en juin 1940, le centre de cette ville, qui était riche en édifices anciens, a fait l’objet d’une reconstruction dans le style pittoresque et régional, destiné à évoquer le caractère de la vieille ville.

Placé sous la direction d’André Laborie dès 1940, le projet se situe dans la ligne du retour à l’esprit français et à la tradition, prônée par le gouvernement de Vichy.
Ce type exemplaire de reconstruction fera l'objet de publications dans des revues spécialisées : L'Architecture française en 1940 et L'Illustration en 1941.
La reconstruction mêle les matériaux les plus divers, avec création d’une nouvelle voie d’accès au pont, ainsi que d’une place rectangulaire remplaçant les petites rues bordant l’église Saint-Louis.

Trois ponts franchissent la Loire à Gien. Le vieux pont médiéval, reconstruit en 1734 et réparé en 1945, est un pont en maçonnerie qui supporte la route départementale 941 (ex RN 140 de Montargis à Figeac) ; le nouveau pont, construit en 1980, est en béton pré-contraint et supporte la route départementale 940 (déviation de Gien) ; le viaduc ferroviaire qui fut l'un des trois ouvrages les plus longs au monde au moment de sa construction.