La chapelle, dédiée à sainte Anne, fut consacrée en 1546. Elle était ornée de trois verrières formant vitraux jusqu’en 1895 quand elle fut vendue. Elle est aujourd’hui conservée à la Bob Jones University de Caroline du Sud (États-Unis).
Pendant les guerres de religion, des douves furent creusées afin de renforcer les défenses.
Au début du XVIIe siècle, deux échauguettes furent construites de chaque côté du portail.
Le château de Boumois demeura propriété de la famille de Thory jusqu’en 1607 quand il fut cédé à François de Peyrat, trésorier de la maison de Mme de Montpensier. Ce dernier mourut en 1612 et le château fut vendu à René Gautier, avocat général du Grand Conseil qui y fit élever de nouvelles dépendances.
L’aile sud ainsi qu’une métairie furent finalement détruites en 1859.
En 1889, le domaine de Boumois, alors d’une superficie de quarante-cinq hectares, fut cédé à la famille Girault.
Lors des bombardement de 1944, une bombe souffla une partie du château.
En 1953, le château, ses douves, son sol intérieur en tomettes et le colombier d’origine furent classés Monument Historique.
Le château en état de ruine revient à Michel Grillault Laroche par héritage.
La restauration dura trente ans.